- a -

• accumulateCorrelationHistogram() : AtomProbe
• andersonDarlingStatistic() : AtomProbe
• antiRotateMatch() : AtomProbe
• askAssert() : AtomProbe

- b -

• buildFrequencyTable() : AtomProbe

- c -

• castVoxels() : AtomProbe
• checkMassRangingCorrectness() : AtomProbe
• chunkLoadEposFile() : AtomProbe
• computeComposition() : AtomProbe
• computeConvexHull() : AtomProbe
• computeIonDistAdjacency() : AtomProbe
• computeRangeAdjacency() : AtomProbe
• computeRotationMatrix() : AtomProbe
• computeRotationMatrixWahba() : AtomProbe
• convertEPOStoPos() : AtomProbe
• convertFileStringToCanonical() : AtomProbe
• convertFileStringToNative() : AtomProbe
• convertMassToMol() : AtomProbe
• convertMolToMass() : AtomProbe
• correlationHistogram() : AtomProbe
• countIntensityEvents() : AtomProbe
• createMassBackground() : AtomProbe
• cumTrapezoid() : AtomProbe

- d -

• det3by3() : AtomProbe
• Determinant() : AtomProbe
• diff() : AtomProbe
• digitString() : AtomProbe
• distanceToFacet() : AtomProbe
• distanceToSegment() : AtomProbe
• doFitBackground() : AtomProbe
• doHull() : AtomProbe
• doniachSunjic() : AtomProbe
• dotProduct() : AtomProbe

- e -

• edgeIdx() : AtomProbe
• estimateRank() : AtomProbe
• expNorm() : AtomProbe
• expNormLSQDerivs() : AtomProbe

- f -

• filterBySolutionPPM() : AtomProbe
• filterPeakNeedBiggerObs() : AtomProbe
• findMaxLessThanOrEq() : AtomProbe
• findNearVerticies() : AtomProbe
• findOverlaps() : AtomProbe
• findOverlapsFromSpectra() : AtomProbe
• findPeaks() : AtomProbe
• fitDoniachSunjic() : AtomProbe
• fitExpNorm() : AtomProbe
• fitLikeLogGaussian() : AtomProbe
• fitVoigt() : AtomProbe
• fitVoigtFunc() : AtomProbe
• fixedRecordChunkReader() : AtomProbe
• fixedRecordReader() : AtomProbe
• fourDeterminant() : AtomProbe
• fpeek() : AtomProbe
• freeConvexHull() : AtomProbe

- g -

• gauss_ratio_pdf() : AtomProbe
• gcd() : AtomProbe
• genColString() : AtomProbe
• generate1DAxialDistHist() : AtomProbe
• generate1DAxialDistHistSweep() : AtomProbe
• getAtoErrString() : AtomProbe
• getFilesize() : AtomProbe
• getFitErrorMsg() : AtomProbe
• getHardAssert() : AtomProbe
• getPosFileErrString() : AtomProbe
• getRangeMolecule() : AtomProbe
• getRecordReadErrString() : AtomProbe
• GetReducedHullPts() : AtomProbe
• getRotationMatrix() : AtomProbe
• gsl_determinant() : AtomProbe
• gsl_matrix_det() : AtomProbe
• gsl_matrix_mult() : AtomProbe
• gsl_print_matrix() : AtomProbe
• gsl_print_vector() : AtomProbe

- h -

• hexStrToUChar() : AtomProbe

- i -

• incrementCorrelationHist() : AtomProbe
• intersect_RayTriangle() : AtomProbe
• isNotDirectory() : AtomProbe
• isValidElementSymbol() : AtomProbe

- k -

• kahansum() : AtomProbe

- l -

• leastSquaresOverlapSolve() : AtomProbe
• likeLogGaussian() : AtomProbe
• linearHistogram() : AtomProbe
• linkIdentifiers() : AtomProbe
• loadATOFile() : AtomProbe
• loadEposFile() : AtomProbe
• loadPosFile() : AtomProbe
• loadTapsimBinFile() : AtomProbe
• loadTextData() : AtomProbe
• lowercase() : AtomProbe
• lsq() : AtomProbe

- m -

• makeHistogram() : AtomProbe
• marchingCubes() : AtomProbe
• matchComposedName() : AtomProbe
• maxExplainedFraction() : AtomProbe
• meanAndStdev() : AtomProbe
• myStrDup() : AtomProbe

- n -

• nullBackground() : AtomProbe
• nullifyMarker() : AtomProbe
• numericalEstimateGaussRatioConf() : AtomProbe
• numericalEstimatePoissRatioConf() : AtomProbe
• numericalEstimateSkellamConf() : AtomProbe

- o -

• onlyDir() : AtomProbe
• onlyFilename() : AtomProbe
• operator<() : AtomProbe
• operator<<() : AtomProbe

- p -

• pairContains() : AtomProbe
• pairOverlaps() : AtomProbe
• parseColString() : AtomProbe
• parseCompositionData() : AtomProbe
• poissonConfidenceObservation() : AtomProbe
• popLocale() : AtomProbe
• pushLocale() : AtomProbe
• pyramidVol() : AtomProbe

- q -

• quat_get_rot_quat() : AtomProbe
• quat_invert() : AtomProbe
• quat_mult_no_second_a() : AtomProbe
• quat_pointmult() : AtomProbe
• quat_rot() : AtomProbe
• quat_rot_apply_quat() : AtomProbe
• quat_rot_array() : AtomProbe

- r -

• randomIndices() : AtomProbe
• randomSelect() : AtomProbe
• rangeOverlaps() : AtomProbe
• rangeToStr() : AtomProbe
• readEposRecord() : AtomProbe
• readPosapOps() : AtomProbe
• reconstructTest() : AtomProbe
• removeElements() : AtomProbe
• rotateMatch() : AtomProbe

- s -

• sampleIons() : AtomProbe
• savePosFile() : AtomProbe
• saveTapsimBin() : AtomProbe
• selectElements() : AtomProbe
• setHardAssert() : AtomProbe
• signedDistanceToFacet() : AtomProbe
• signVal() : AtomProbe
• solveLeastSquares() : AtomProbe
• SphericProjectionEqn() : AtomProbe
• splitStrsRef() : AtomProbe
• stlStrToStlWStr() : AtomProbe
• stlWStrToStlStr() : AtomProbe
• strAppend() : AtomProbe
• stream_cast() : AtomProbe
• strhas() : AtomProbe
• stripChars() : AtomProbe
• stripWhite() : AtomProbe
• stripZeroEntries() : AtomProbe
• sumVoxels() : AtomProbe

- t -

• tabs() : AtomProbe
• tolEqual() : AtomProbe
• transposeVector() : AtomProbe
• triIsDegenerate() : AtomProbe

- u -

• ucharToHexStr() : AtomProbe
• uppercase() : AtomProbe

- v -

• vectorMultiErase() : AtomProbe
• vectorPointDir() : AtomProbe
• voigtProfile() : AtomProbe

- w -

• weightedMean() : AtomProbe

- x -

• XMLFreeDoc() : AtomProbe
• XMLGetNextElemAttrib() : AtomProbe
• XMLHelpFwdNotElem() : AtomProbe
• XMLHelpFwdToElem() : AtomProbe
• XMLHelpFwdToList() : AtomProbe
• XMLHelpGetProp() : AtomProbe
• XMLHelpGetText() : AtomProbe
• XMLHelpNextType() : AtomProbe

- z -

• zechConfidenceLimits() : AtomProbe
• zechRoot() : AtomProbe